El 16 de diciembre de 2001, monseñor Stanovnik recibió la ordenación episcopal en la Catedral de la Inmaculada Concepción, de Reconquista, de manos del cardenal Jorge Mario Bergoglio SJ, arzobispo de Buenos Aires y Primado de la Argentina. La ceremonia fue concelebrada por los obispos Juan Rubén Martínez, de Posadas; Juan Rodolfo Laise, emérito de San Luis y miembro de la Orden Capuchina; Gustavo Arturo Help, de Venado Tuerto; y el entonces nuncio apostólico, monseñor Santos Abril y Castelló.
En la misma celebración monseñor Stanovnik inició el gobierno pastoral de la diócesis de Reconquista.